Em crianças com alergia às proteínas do leite de vaca (CMPA), quando não é possível amamentar ou usar leite de vaca, o uso clínico do leite de burra é considerado, pois vários estudos demonstraram a alta similaridade do leite de burra em relação ao leite humano. Foi realizada uma análise do perfil proteico do leite de burra por eletroforese bidimensional (2-DE) seguida de sequenciamento no terminal N, a fim de fornecer uma visão panorâmica das proteínas presentes no leite de burra. Além disso, o interesse foi focado nas frações de caseína e no seu grau de fosforilação que podem influenciar a capacidade de ligação de cálcio das caseínas. Para este efeito, foram realizadas experiências na desfosforilação da caseína do leite de burra e as fracções de caseína desfosforiladas foram identificadas após análise 2-DE seguida de sequenciação N-terminal. Entre as caseínas foram encontradas principalmente αs1- e β-caseínas que apresentaram considerável heterogeneidade devido ao grau variável de fosforilação e à presença de variantes genéticas. Finalmente, foi realizada uma determinação quantitativa de algumas proteínas anti-microbianas, como a lactoferrina e a lactoperoxidase, capazes de estimular o desenvolvimento do intestino neonatal, no leite de burra, com resultados de 0,080 ± 0,0035 g / L e 0,11 ± 0,027 mg / L, respectivamente. A partir dos dados obtidos, evidencia-se que o leite humano e de burro contém quantidades consideráveis de lisozima e lactoferrina, mas a lactoperoxidase está presente apenas em pequenas quantidades, confirmando a alta similaridade entre o leite de burra e o humano. O presente estudo sobre proteínas do leite de burro pode ser útil para avaliar as características nutricionais desse leite usado para alimentar crianças afectadas pelo CMPA, mas também pode abrir a possibilidade de utilizar o leite de burra na população em geral com CMPA , como adulto e idosos.